Im archäologischen Nationalmuseum, das im Laufe der Jahre durch die Funde von Herkulaneum, Pompeji und weiteren Ausgrabungen zu seiner stolzen Sammlung gelangte, werden neben den Schätzen aus dem Besitz der Familie Farnese zahlreiche aus Ankäufen und Schenkungen stammende Kunstgegenstände gezeigt. Das Museum beherbergt eine der international bedeutendsten und größten Sammlungen der klassischen Antike.

Hier werden Kunstschätze von unschätzbarem Wert aufbewahrt, die den verschiedensten Kunstrichtungen angehören, Skulpturen und Gemälde, Keramikarbeiten und Mosaike, die so zahlreich sind, daß eine umfassende Aufzählung an dieser Stelle unmöglich wäre. Zu den berühmtesten Stücken gehört zweifellos das zur Sammlung der Mosaiken aus Pompeji zählende 3,42 x 5,92 große Alexandermosaik, in dem Szenen des Kampfes zwischen Alexander dem Großen und Darius III dargestellt sind. Unter den Gemälden sind neben dem berühmten Werk, La Primavera (der Frühling) und den Portraits von Paquio Proculo und seiner Frau , die Gemälde mit Motiven aus dem täglichen Leben und Motiven aus der Mytologie, architektonischen Zeichnungen und Stilleben zu erwähnen.

Die Skulpturensammlung mit ihren zahlreichen und wertvollen Exemplaren umfaßt Meisterwerke wie Harmodios und Aristogeiton (die berühmten Tyrannenmörder) die Farnesische Athene , das Marmorrelief mit Orpheus und Eurydike und dem Gott Hermes , dem Doryphoros (Speerträger) und Polyklet, einen in den pompejianischen Via dell’Abondanza gefundenen Lampenträger, der einen Epheben darstellt, die Skulptur der ntoten Amazone , eine prachtvolle Venere Callipige , die enthäuptete Venus von Sinuessa , den eindrucksvollen Farnesischen Herkules und die liebliche Darstellung eines Satyrs mit Dionysios und die lebhafte Gruppe des Farnesischen Stiers .