Les travaux de construction de l'édifice primitif furent exécutés de 1582 à 1586 sur l'ordre du vice-roi espagnol de Naples, duc d'Ossuna, et sur projet de l'architecte Giulio Cesare Fontana. L'édifice était destiné à devenir un manège royal. Mais, lorsqu'on se sont rendu compte que l'eau, nécessaire aux chevaux, manquait dans la zone, l'écurie fut abandonée.
Au début du XVII siècle l'édifice fut transformé en siège de l'Université Royale.
En 1797 l'édifice a accueilli le Musée d'Herculanum, la Collection de Tableaux et après la célèbre COLLECTION FARNÈSE que Charles de Bourbon avait hérité de sa mère, Elisabeth Farnese, èpouse de Philippe V, en 1731.
Puis le Musée Royal Bourbonien a été continuellement enrichi par les pièces provenant des FOUILLES ARCHÉOLOGIQUES de Pompèi, Herculanum, Paestum etc. Après l'unification de l'Italie en 1860 il a été déclaré Musée National.

Les fresques et les statues du Musée National constituent une étape obligatoire pour avoir une idée plus complète de l'art et de la civilisation gréco-romaine.