Sette secoli fa, nell'anno del primo Giubileo (1300), fu posta la prima pietra della Cappella che Enrico Scrovegni, ricco banchiere e uomo d'affari padovano, aveva fatto erigere a completamento del palazzo. Per adornare l'edificio, destinato ad accogliere lui stesso e i suoi discendenti dopo la morte, il ricco banchiere chiamò due tra i più grandi artisti del tempo: a Giovanni Pisano commissionò 3 statue d'altare in marmo raffiguranti la Madonna con Bambino tra due diaconi, a Giotto, il quale era un artista già celebre ed affermato, la decorazione pittorica della superficie muraria. A lui venne affidato il compito di raffigurare una sequenza di storie tratte dal Vecchio e dal Nuovo Testamento che culminavano nella morte e resurrezione del Figlio di Dio e nel Giudizio Universale, allo scopo di sollecitare chi entrava nella Cappella a rimeditare sul suo sacrificio per la salvezza dell'umanità.

Egli immaginò una struttura architettonica in finti marmi dipinti che sorregge la volta dall'aspetto di cielo stellato e i riquadri con le storie della Vergine e di Cristo. L'opera fu ultimata in tempi molto brevi tanto che nel 1305, dopo 2 soli anni di lavoro, la Cappella era tutta decorata e veniva consacrata per la seconda volta. Non si sa nulla, ancora oggi, della storia della Cappella fino all''800, quando rischiò di scomparire per il disinteresse dei nuovi proprietari che avevano lasciato crollare il portico sulla facciata ed il palazzo fatto costruire da Enrico.

L'edificio era originariamente collegato al palazzo di famiglia, fatto erigere dopo il 1300, seguendo il tracciato ellittico dei resti dell'arena romana. Da quando, nel 1880, la Cappella è stata acquisita dalla città di Padova, gli affreschi sono stati continuamente oggetto di particolari attenzioni e, nell'Ottocento e nel Novecento, sono stati compiuti svariati interventi conservativi. Dagli anni settanta fino ai giorni nostri, grazie alla stretta collaborazione tra Amministrazione locale, Soprintendenze e Istituto Centrale per il Restauro, sono stati compiuti accurati studi e monitoraggi sullo stato dell'edificio, sulla qualità dell'aria, sui fattori inquinanti, sullo stato di conservazione delle pitture. La costruzione del nuovo corpo di accesso, unitamente all'installazione di un impianto di trattamento dell'aria, permette di gestire il forte flusso dei visitatori in modo tale da non pregiudicare la conservazione degli affreschi.