Il Museo delle Sinopie di Pisa in Piazza dei Miracoli è stato aperto al pubblico nel 1979. Il Museo delle Sinopie di Pisa si trova in un edificio che inizialmente era destinato ad ospedale e ad ospitare i pellegrini; fu costruito nel 1257 da Giovanni di Simone (stesso architetto che ha costruito la Torre Pendente di Pisa in Piazza dei Miracoli) e che è un'ala dell'odierno Ospedale Santa Chiara di Pisa.

La maggior parte delle sinopie esposte nel Museo in Piazza dei Miracoli provengono dal Camposanto Monumentale di Pisa, questo nel 1944 subì un grave incendio a causa dei bombardamenti della seconda guerra mondiale e per salvare gli affreschi trecenteschi ivi presenti si scelse si staccarli dalle pareti e di metterli su dei pannelli, nello staccare questi piccoli capolavori della storia dell'arte italiana si rinvennero numerose sinopie. Le sinopie non sono altro che i disegni preparatori degli affreschi e sono molto utili per gli studiosi di storia dell'arte perché grazie alle sinopie si riescono a distinguere le varie mani che hanno collaborato alla creazione dell'affresco.

Al Museo delle Sinopie di Piazza dei Miracoli a Pisa si possono ammirare i disegni preparatori di numerosi artisti trecenteschi e quattrocenteschi che hanno lavorato per anni sulle pareti del Camposanto Monumentale di Pisa: Buffalmacco, Francesco Traini, Pietro di Puccio, Benozzo Gozzoli e le incisioni di Gian Paolo Lasinio. Le sinopie esposte a Pisa sono per la maggior parte disegni per la realizzazione del Trionfo della Morte, del Giudizio Universale, delle Storie di Anacoreti, della Crocifissione di Francesco di Traino, della Cosmografia Teologica di Piero di Puccio e delle Storie bibliche di Benozzo Gozzoli.